From Evernote:

[ASP.NET]クライアントスクリプトを埋め込む

サーバ側の処理を行った後にjavascriptを動作させたい場合です。

'-------------------------------------------

'サーバ処理をした後に…

Dim objSB As New StringBuilder
        With objSB
            .Append("<SCRIPT language='JavaScript'>" & vbCrLf)
            .Append("showWindow('excel.aspx'")
            .Append("','Print',200,100);")
            .Append("</SCRIPT>" & vbCrLf)
            If Not Me.ClientScript.IsClientScriptBlockRegistered("clientScript") Then
                Me.ClientScript.RegisterClientScriptBlock(Me.GetType, "clientScript", .ToString)
            End If
        End With

'-------------------------------------------

'ちなみに…

'RegisterClientScriptBlockは<form>タグの直後に

'RegisterStartupScriptは</form>タグの前に'

'埋め込みます。という意味です。